Jeśli wykonujemy kosztorys na podstawie katalogów z nakładami, mamy tam „odgórnie" określony sposób wykonania roboty z wykorzystaniem określonego sprzętu. Jeżeli faktycznie na budowie sprzęt ten nie będzie wykorzystywany, a roboty wykonuje się ręcznie, nie stanowi to dla inwestora podstawy do wykreślenia kosztów pracy sprzętu i obniżenia wynagrodzenia przy rozliczeniu zapłaty za robotę: to prawda, że wykonawca nie musiał zapłacić za pracę maszyny, ale za to poniósł wyższe koszty robocizny!

Koszty pośrednie K_p obejmują koszty ogólne budowy i część kosztów zarządu przypadającą na dany kontrakt. Koszty ogólne budowy to między innymi:

•        płace kierownictwa budowy,

•        koszty eksploatacji i amortyzacji narzędzi i sprzętu (poza kosztami ujętymi w cenach pracy sprzętu w pozycjach robót),

•        koszt zużycia wody i energii elektrycznej na budowie,

•        koszt montażu, demontażu, eksploatacji i amortyzacji obiektów zaplecza budowy (ogrodzenia, magazyny, kontenery, drogi, instalacje tymczasowe itd.)

•        koszty usług obcych i ekspertyz związanych z budową (np. wynagrodzenie geodety czy geologa),

•        koszty prac pomocniczych (np. sprzątanie placu i obiektu przed przekazaniem),

•        rozładunek materiałów jeśli nie ujęty w gdzie indziej (w cenie materiału lub kosztach zakupu),

•        jednorazowe koszty sprzętu, o ile nie ujęto ich w kosztach bezpośrednich,

•        koszty BHP (odzież robocza, środki ochrony osobistej, posiłki regeneracyjne jeśli nie ujęte w kosztach bezpośrednich robocizny),

•        rezerwa na nieubezpieczone ryzyko związane z budową, której dotyczy kosztorys - jako rezerwa na koszty nieprzewidziane. Może się wiązać z wystąpieniem niekorzystnych warunków pogodowych (bardzo ostra zima, szczególnie obfite i długotrwałe opady), nieprzewidziane warunki gruntowo-wodne, zastosowanie nowych technologii itd.

w ramach kosztów zarządu występują między innymi płace administracji i zarządu przedsiębiorstwa wykonawczego, koszt utrzymania i amortyzacji biur i obiektów ogólnego przeznaczenia, czynsze i ubezpieczenia, zużycie materiałów biurowych, energii i wody, opłaty telekomunikacyjne i pocztowe, koszty finansowe (np. odsetki od kredytów), podatki itd.

Koszty pośrednie można liczyć na podstawie preliminarza wydatków - kwotowo, ale często liczy się je wskaźnikowo, jako pewien procent kosztów bezpośrednich, najczęściej:

Wskaźnik kosztów pośrednich W_KP może być obliczony na podstawie danych księgowych przedsiębiorstwa wykonawczego: koszty zaksięgowane w danym okresie jako koszty ogólne budów plus koszty ogólne zarządu podzielone przez zaksięgowane w tym samym okresie koszty bezpośrednie robocizny i sprzętu. Jeśli takich danych brak, wskaźniki można przyjąć na podstawie publikacji cenowych (patrz punkt 2.5). Uwaga: wskaźnik kosztów pośrednich służy często do regulacji wyniku obliczeń kosztorysowych w kosztorysach ofertowych - czyli dostosowania tego, co „wychodzi" obliczeń do rynkowej rzeczywistości.

Uwaga: o tym, które z kosztów kalkulować jako koszty pośrednie, a które jako bezpośrednie, powinny informować „techniczne podstawy kosztorysowania" czyli specyfikacje albo dane/założenia wyjściowe do kosztorysu.

Zysk kalkulacyjny Z to kalkulowana nadwyżka przychodu wykonawcy nad kosztami realizacji zlecenia. W kwocie zysku ujmuje się ryzyko (rezerwę finansową na zdarzenia niepewne odniesione do całego przedsiębiorstwa wykonawczego). Drugim składnikiem jest zysk właściwy - wynagrodzenie wykonawcy. Zysk w kosztorysie podaje się jako kwotę albo jako pewien procent kosztów, tradycyjnie jako:

 
gdzie WVAT to procentowa stawka VAT, a ceny materiałów i pracy/najmu sprzętu oraz koszty pośrednie wstawiane są według wartości netto. Gdyby wykonawca nie był płatnikiem VAT, ceny materiałów, pracy/najmu sprzętu i wydatki związane z kosztami pośrednimi kalkulowane byłyby według wartości brutto, natomiast nie wystąpiłoby obciążenie VAT-em końcowego wyniku obliczeń kosztorysowych. W kosztorysie inwestorskim w zamówieniach publicznych VAT nie jest doliczany do wartości kosztorysu - operuje się tylko kwotami netto.